佐渡本间家自从归顺以来格外恭顺，羽茂城城主本间高信，杂太城城主本间泰高、太田城城主本间秀氏、久知城城主本间与十郎，等本间一族每人轮换一季长驻春日山城，作出一副十分恭顺的态度。
事实上他们不恭顺也不行，佐渡港掌握在吉良水军的手里，九鬼重隆一年的时间起码有五个月驻守佐渡港，在吉良家的大力建设下，佐渡港比以前扩大两倍有余，佐渡港町内的纯木制结构也换成土木式结构，敷上三合土的草葺木屋比原来更结实暖和。
吉良水军的主力常驻新的佐渡港，把佐渡的本间家及国人众压的喘不过起来，出海的重要港口被捏住，佐渡水军主力被剿灭残部被收编，本间家以及佐渡国人已经无力反抗，只要吉良义时愿意，完全可以把他们全部抹去。
生存的压力迫使本间家全体臣服春日山城，接受长尾家的军役和税赋厘定，接受检地和农业改革，整个佐渡两万石土地需要负担一千五百军役，其中五百名常备被安排在新潟町的下越国人常备军团内接受训练。
根据弘治二年吉良家常备法度的要求，整个越后的军役帐将进行新一轮改革，常备军团的提议也在半年前被酝酿出来，以军役帐的三分之一为常备军团，接受长期专业化训练，常备足轻并非世袭，而是以两年为标准在军役帐内进行轮换，在负担常备军役期间食宿由各家领主大名统一支付，具体费用在每一年的财政预算中单独列出。
这个常备军团的主要含义在于快速机动的职业军团，确保在任何情况下都能有常备足轻随时调用，各常备军团的大将由长尾家谱代众担任，备队大将根据军役及国人众分部情况统一确定，这个军役体系完整的囊括整个越后各个阶层，职业化常备军团，职业化足轻，半职业化同心众，预备役少年各梯次都有足够的兵源，其主要战力还是前两者，后两者暂时作用不大。
九鬼重隆的小儿子元服名为九鬼隆持，年纪虽小但厮混水上的行伍时间却接近十年，甫一元服就担任水军组头，作为吉良水军的代表负责监督在建十艘的安宅船，以及八十艘关船的建造进度，很显然他父亲不单单想让他做一个水军大将。
佐渡岛的金山开采对佐渡国人来说意义不大，金山开采的多寡与没有他们一分钱关系，相比之下农业改革更让人兴奋，佐渡岛受到北部日本海的海洋性气候影响，农业发展一直缺乏建树，诺大的一个岛石高只有两万石。
但佐渡岛上实际耕地面积却有七千町步，初步探查实际可耕作的农田有一万一千町步，其中没有包括高山，森林以及沙滩，以及城池等不可耕作的土地，如佐渡海港附近的一千五百町步土地，半数以上是沙化严重的的极下田，通常这种土地耕作意义和价值太低是不作为耕地计算和使用的。
另外不到半数的土地里仍有一半是沙土下田，一小半多才是中田，上田一共也才一百多町步，所以实际上给吉良家的土地有一大半不算耕地，只有大约七百町步是真正意义的耕地，不过吉良家需要的是佐渡港以及重建港町，附近的这些耕地都属于附送性质的到也无所谓。
那么一万一千町步是什么概念呢？整个越后如今的耕地面积还不到十万町步，虽然这与越后农业开发有极大，但初步估计整个越后的耕地面积大约有二十五万町步，其中新潟地方就有十万多町步的耕地，其耕作潜力是巨大的。
佐渡岛上的耕地面积相对狭小的岛屿来说是非常多的，七千町步就是七万反耕地，在几年前的越后怎么也能产出七、八万石粮食，但在佐渡岛才只有两万石粮食，这其中虽然有海洋气候的因素影响农时，但更主要的原因还是佐渡不会耕作，甚至根本不怎么耕作。
佐渡作为罪囚流放之地，历来就不被人重视，镰仓时代派驻地头也是粗放式管理，到如今千年的时光，佐渡岛还是停留在刀耕火种的水准上，有些国人撒上稻种就不管不顾了，到秋天有多少就收多少，一反土地秋收才能收到四五斗粮食也是常有的事，有些惫懒的领主自家野草比稻子长的还旺盛，也不知道他们种的什么田耕的什么地。
吉良家的农业改革进入佐渡后做的很彻底，撤并新村，拆除支城，一个小小的佐渡岛上密密麻麻的城砦有六七十个，能称得上城堡的也就四座，其他大一些的算是土楼山寨的标准，更小的连强盗野伏的山寨都不如，一把火就能把小木寨给烧掉的水平。
这种破烂东西要他有何用？全部拆除成为必然之举，整个佐渡岛只留下四座城堡，久知城因为太小最终也被拆毁，本间与十郎用部分领地换来河原田城，本间家的所有国人全部迁入新村内设置居馆。
随着这次撤并新村的推行，佐渡岛内的知行地也进一步转封调整，打下河原田城获得的土地零敲碎打的不宜管理，这一次转封把各自的土地区域划分出来，各国人领主的耕地都集中在一起，减少发生土地纠纷和冲突的可能性。
吉良义时派出的奉行官与佐渡国人达成协议，吉良家将负责对佐渡岛内所有国人领主的农业进行改革，提高粮食产量达到越后的标准水平，同时要付出的代价是佐渡岛内开发的新田将全权归属吉良家。
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