自李芳远逃到庆州后，明军占领了沿海地区和主要城市，其中瞿能在汉城，在附近的郡城派驻了少量军队；盛庸在全罗，在全州、罗州、光州等地派有重兵，而盛庸本人则坐镇罗州，等待过冬后，再征剿李芳远。
但是朝鲜军队其实并不弱小，盛庸初期的势如破竹，其实是朝鲜自视过高，应对不得法，加上水师惨败各方面造成的结果。
高丽时期，高丽国王都是元朝的驸马，其继承人需要在大都按照蒙古人方式长大，之后才能回汉京继位，再加上被蒙元彻底击败的教训，高丽人对蒙元的战斗方式非常痴迷，所以高丽建立了大量的弓骑兵，再加上元朝末年，红巾军两次进攻朝鲜半岛，给高丽政权以沉重打击。政权不稳，就导致了民间豪强四起，这些人为了保家卫土，纷纷组织自己的乡兵，从某种程度上来说，李成桂也是这么起家的。
李成桂出生于元朝的双城总管府，也就是后来的咸镜南道，其父亲是元朝斡东千户所千户兼达鲁花赤李子春，父子二人在高丽趁元末大乱收复双城总管府时投降高丽，后来李成桂在与红巾军作战中屡立战功，逐步得到提拔。
洪武二十一年（1388年），奉命进攻辽东的李成桂自威化岛（鸭绿江的一个江心岛）回军，逼王禑退位，另立王昌，逐渐掌握大权。
鉴于高丽末年的乱象，李成桂做了两件事情，一件是取消私兵，实行府兵制，当然他自己的私兵是正规军，不能取消；另一件则是重新分配土地，烧毁以前的公司田籍，对功臣按照功绩分田，除此之外，全部归国家所有，百姓租种即可，推行这两件事情，难度可想而知，但是李成桂做到了，相当很了不起。
这种方式虽然简单粗暴，却也很有效，为什么呢？军队自己种田，自己准备兵器，按照国家的命令去打仗，不花国家一分钱；国家的田地出租，其实也相当于交税，只供政府官员正常开支即可。
但是这种方式带来了一个问题，那就是府兵制天然就是不适合农耕民族的。府兵制其实脱胎于游牧民族的“出则为兵，入则为民”，但是游牧民族平时放牧为生，需要的技能和打仗差不太多，需要防备马贼、防备狼群，还需要长途跋涉等等，所以每一个牧人就是一个合格的战士，他们出来当兵一点问题都没有；而农人则不同，他们平时所作的事情和打仗半点关系都没有，除草捉虫、施肥收割、脱壳晾晒等等，做个炊事员，只能说勉强合格，上战场打仗，不经过系统的训练，等于去送死，所以任何国家，府兵制都不可能实行太长的时间。
虽然府兵制存在问题，但是在建立初期，战斗力还是蛮强的，再加上李成桂、李芳远都是有野心的人，所以军队方面战力还是比较可观的。
所以在盛庸南下的时候，李芳远手里可以掌控的进队达二十万左右，只可惜在沙里院城、海州损失了十余万，所以当盛庸兵临开城、汉城时，李芳远手里没有多少兵力，而其余的军队大部分在南方诸道，比如忠清、全罗、庆尚等道，所以李芳远只能仓皇逃窜，他逃出汉城后本是要逃到全罗的，那里土地肥沃、人口稠密，可以征召大量的兵员，但是他没想到明朝竟然派军队在全罗道登陆，迅速占领全州、罗州，他不得已转向，逃往庆州，苟延残喘。
因为李芳干的缘故，朝鲜各地州城府县可以说传檄而定，但是如今李芳干死了，一切都不一样了。
后世有一句话很出名，“我们看错了世界，却说世界欺骗了我们！”这句话之所以出名，就在于它经常发生。李芳干在的时候，朝鲜各地虽然都知道大明不怀好意，但是都有万一的希望，都想观望一下，看看情况如何；但如今李芳干死了，许多人如梦方醒，发现被世界欺骗了，各地陆续开始出现小规模的叛军，袭击零散、落单的明军，暗杀投明的朝鲜官吏......
而这种情况在大明宣布要设立朝鲜布政使司之后，立刻发展到高潮。
瞿能出汉城后，立刻派马哈木、阿鲁台到四处扫荡，将布政使司的政令送达，而针对不同的地方，布政使司的政令也有所不同，有的原职留任、有的调为他职、有的回汉城述职，不一而足，而各地的反应也不一样，有的如杨平郡的权道中誓死抵抗；有的如水州的许保斩杀说客，向大明效忠；还有一些城池长官挂印而去，不知所终；还有的举起叛旗，却并没有如权道中一样依城据守，而是带着叛军骑上马，打起了游击；当然也有不少地方平平淡淡接受了布政使司的政令，继续照常办公。
当然，无论做出任何选择，当明军到达后，秩序都会恢复正常，府县有了长官，百姓有了依靠，同时城中会留下数量不等的明军维持治安。
张伦抵达水州的第二天，瞿能就赶到了，瞿能赶到之后，并没有继续进兵，而是等待马哈木和阿鲁台的消息，再做下一步的决定。
因为马哈木和阿鲁台的疯狂扫荡，汉城府即原京畿道很快恢复了平静，叛军不是逃亡山中，就是往忠州、清州逃离。
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