那时皇太子跟随皇帝到上都去了，只留下阿合马守卫燕京，就趁机派遣两位僧人到达当时的中央机关中书省，谎称说是太子要返回都城做佛教事务。被警卫部队军官高觿和张九思严加盘问，仓促之间，对答出错，泄露了机密，他们就把两位僧人拘留起来，进一步严加审问，但是他们非常坚定，没有招供出什么情况。真是事有凑巧，没想到枢密副使官张易，又受了假太子的命令，率领军队到东宫，图谋叛乱。
高觿就询问他率领军队到来的目的，张易就在他的耳边对他悄悄地说：“太子有命令，叫我们赶快杀掉左相阿合马。”这句话一经传开，就弄得人们晕头转向，摸不着头脑，似是而非，难以分辨，就不得不派遣使者出来迎接他们。
王著看见机会难得，就命令同党中的一个人冒充太子，大开杀戒，看见一个人，就杀掉一个人，抢夺过来一匹马，急急忙忙地冲入了建德门。这时已经是凌晨的二鼓时分，他到了东宫前面，召集朝廷的众多官员，这时阿合马也骑马，扬着鞭奔跑而来，被王著手下的叛党，推落下马来，指责他欺骗骗皇帝，残害老百姓的罪恶，当场取出了武器铜锤，在他脑袋上敲击了一下，只听见噗的一声响，脑浆立即迸溅了出来，倒在地上死去了。
阿合马，回回人。朝廷里的官员都不知道他是怎样进入皇宫当上朝廷官员的。元世祖中统三年，开始接受任命担任中书左右部的职务，并兼任运输部长的职务，专门财政税收大权交给他。阿合马也是一个干才，提出改革方案，向各省运输部门颁布施行。
第二年，以河南钧、徐等州都有冶铁产业，请求朝廷授予专利权，以获取更大的商业利益。元世祖把开平府升格为上都，任命阿合马为市长，原来担任的各种职务不变。阿合马请求教育部长马月合乃兼管三千获得专利的企业，专门从事冶铁产业，每年向朝廷进贡一百三万七千斤铁，铸造农器二十万事，交换四万石粮食供应政府部门的官员。
至元元年正月，阿合马提出建议说：“太原的民众煮少量的食盐，四处贩卖，老百姓贪图价格便宜，竞相购买买食用，食盐非常畅销，严重冲击了政府盐业专卖市场，造成盐业税收减少，每年能征收七千五百两银子的税收。请求朝廷颁布法令，从今年起增加税收五千两银子，无论是僧人道士，还是军人工匠等人，都要缴纳税收，那些民间贩卖私盐的人可以不必追究。”当年秋天的八月，他对国家机构朝廷改革，撤销了中书左右部，并入中央政府，任命阿合马为政务院总理，升任上议院议长。
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